Das sollte grundsätzlich sicher möglich sein. Bei den Releases von ILIAS 6.x wird jeweils auch eine Distribution mit allen Abhängigkeiten zum Download angeboten (Datei ILIAS-6.5.zip resp. ILIAS-6.5.tar.gz, nicht "Source Code"):
https://github.com/ILIAS-eLearning/ILIAS/releases/tag/v6.5
Wenn die bestehenden Dateien überschrieben werden, könnte es Probleme mit alten Dateien geben, welche dabei nicht gelöscht werden. Ich würde stattdessen ein neues Verzeichnis für ILIAS erstellen und das Verzeichnis "data" sowie die Datei "ilias.ini.php" vom alten ins neue Verzeichnis kopieren oder verschieben.
Anschliessend kann im Setup (/setup/setup.php) das DB-Update gestartet werden. Wie immer gilt: Backup vorher nicht vergessen.
https://github.com/ILIAS-eLearning/ILIAS/releases/tag/v6.5
Wenn die bestehenden Dateien überschrieben werden, könnte es Probleme mit alten Dateien geben, welche dabei nicht gelöscht werden. Ich würde stattdessen ein neues Verzeichnis für ILIAS erstellen und das Verzeichnis "data" sowie die Datei "ilias.ini.php" vom alten ins neue Verzeichnis kopieren oder verschieben.
Anschliessend kann im Setup (/setup/setup.php) das DB-Update gestartet werden. Wie immer gilt: Backup vorher nicht vergessen.