Hallo Andreas,
seit ILIAS 5 wird die skin nicht mehr einfach durch ändern von Werten bearbeitet. So ganz grob schreibt man die Farben in eine Steuerdatei und lässt mit dem less- compiler daraus alle Dateien erzeugen, die benötigt werden. Dazu ist allerdings einiges an Vorarbeit (less-compiler installieren, einlesen) nötig. Der Vorteil ist dann, dass Farben in einem Rutsch an allen passenden Stellen ersetzt und auch passend abgestuft werden.
Einige Unterlagen sind unter
http://www.ilias.de/docu/goto_docu_cat_4225.html
mit dem Titel "Neuer Look für ILIAS" zu finden.
Nich abschrecken lassen, der Einstiegsaufwand ist höher, aber es fallan dann viele Detailschritte weg.
Grüße
Ingo