Auf welcher ILIAS Version arbeitest du? Ich habe kurz auf ilias.de/test53 die Variablen
il-logo-height, il-logo-width auf 100px gesetzt (via GUI in Administration, sektion header). hat soweit super geklappt, menu ist nach unten gerutscht etc. Im Anhang den dabei erstellen Skin als Export. Evtl., hilft dir das als Vorlage weiter.