Wenn du die .htaccess-Datei löschst, entfernst du dich vom ILIAS-Standard. Du musst die Einträge dann anderweitig, also in der vhost-Datei, umsetzen. Letztlich dürfte dort der Fehler auch liegen, also in der ilias.conf (sicher, dass diese aktiviert ist?). Dir scheint nämlich Folgendes zu fehlen:
<Directory /var/www/html>
Options -Indexes +FollowSymlinks
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
Zum Vergleich deine Datei:
